剧情设定结合台湾特有的超渡文化，以及近几年发生的青少年社会新闻，不仅具有高度议题性，更有超越阴阳两界，既华丽又诡异的魔幻风格。死神少女——渡，是一个能聆听世人召唤的死神，当凡人向她发出祈愿时，她将会现身。而具有灵异体质的——沈奇，是唯一一个可以看见死神少女的人，透过目睹一则则的故事，明白渡非刽子手，而是渡者，渐渐爱上死神。 死神少女为贯穿了12个青少年的故事，以两集为一个单元。取材于真实社会案例，虚构为戏剧重现。
死神少女第1集 死神少女「渡」，永远的19岁，奈何桥的守护者，非生非死，无善无恶。所有「过不去」而呼唤死亡的声音，都可能召唤她…黄禾，是师长疼爱、家境富裕的资优生，但私底下的身分却是校园黑帮的老大。如此的双重身分，让校园中的所有人都对他敬畏三分。黄禾和自然科学老师江萍有一段禁忌的师生恋，不料江老师意外有了身孕，还为此和自己的老公离婚。为了保障自己的前途，黄禾因此产生「死亡」的念头，无意中召唤死神少女的出现。
死神少女第2集 聪明又漂亮的校花筱青在一场辩论赛中赢了黄禾，引起他的注意。哥哥傻东在不知不觉中被设局陷害，成为黄禾利用来接近筱青的工具。偷偷暗恋筱青的同班同学阿庞察觉黄禾的意图却无法阻止他的恶行，气愤之下召唤出死神少女，即使知道这样的後果会是永远离开从小相依为命的外婆，愤怒的阿庞仍然向渡许下了愿望。
死神少女第3集 第二学期，沈奇的班上来了一个转校生─叶小琳。沉默寡言的小琳走进教室，依照座位表的分配，走到自己的座位坐下，意外的在椅子上发现了一颗漂亮的黑色石头（阿庞留下的石头）。元旦假期到了，小琳从宿舍回到姑姑和姑夫的家中，但两人工作繁忙，无法额外费心照顾她，某天晚上，两人甚至忘了叫小琳下来吃晚餐！独自在房间深受寂寞之苦的小琳，不知不觉中召唤出死神少女。
死神少女第4集 阿介的作品中恰巧有一幅死神少女的画像，小琳告诉阿介自己看过死神少女的经过。第二天小琳回到杂货店，殊不知昨夜偷钱的经过全被监视器拍了下来，愤怒的姑夫告诉她其实是个没人要的小孩。除夕当天，小琳的父母都没有来接小琳，深爱父母的小琳无法接受这个事实，不吃不喝、日渐消瘦。在空荡荡的房间中，死神少女出现了。最终和父母在奈何桥相遇。这一集中沈奇看见了渡，并与之对话。
死神少女第5集 妮可接收了小琳的电脑和黑石，持续过著网路援交妹的生活。自从被阿才抛弃之後，妮可每天晚上都到酒店兼差，希望有一天能赚到足够的钱，带著母亲离开酗酒又好赌的父亲，到台北过生活。班上的模范生小唐偷偷暗恋著妮可，一心想为她做些什麼，但妮可总是以冷漠的态度回应。有一天，小唐在好奇心的驱使之下跟踪妮可，发现她居然在从事援交，心灰意冷。
死神少女第6集 晚上回家时妮可与交不出赌博所欠下的钱而吵架，而后妮可把刚赚到的钱交给母亲，在母亲藏钱的时候被她的父亲发现，抢走了30万的存款，气愤的召唤出死神少女许下“不希望家里有这样的家人”的愿望，即使知道这样的後果会是变成修补“奈何桥”的石头。深受打击的小唐魂不守舍飞快的骑著单车冲出巷口，与妮可的爸爸险些相撞，还债的钱飞散在地，这时正在蹲在地下捡钱的妮可爸爸，因为没有注意身后的车辆，闪避不及而倒地-丧命。
死神少女第7集 一台黑色高级轿车开进校园，一位有著贵族气质、长相斯文的少年一下车就被草丛中的黑色石头给吸引，并悄悄地将石头放进自己的口袋。帅气的李优一转到石雨高中就成为校园的风云人物，也是女学生心目中的白马王子。和篮球队长阿国不打不相识，两人很快的就以兄弟互称，也因此认识了阿国的妹妹小菊。
死神少女第8集 三人的感情越来越好，尤其是李优和小菊之间的关系也越来越微妙，这一切让暗恋李优的梅丽内心燃起熊熊的妒火。某天，梅丽意外得知李优不可告人的秘密(李优的身世疑似政治界名人的私生子），爱到疯狂的她决定用这个秘密威胁李优来和她在一起。另一方面，阿国得知李优和小菊的关系而感到相当生气，不支持两人进一步交往下去。备受煎熬的李优再也掩饰不了内心的愤怒，却也因此唤醒了死神。
死神少女第9集 自从李优离开之後，转眼间过了一个暑假，小菊和巧巧为了准备化学奥林匹克比赛每天都相处在一起，渐渐的小菊对李优的感情由浓转淡，巧巧也在不知不觉中爱上了小菊。两人的感情愈加浓烈，让小菊对李优有了罪恶感，直到有一天李优告诉小菊她的决定。
死神少女第10集 另一方面，沈奇为了寻找死神少女的踪迹来到图书馆，看到关於渡的漫画，并且下定决心找到黑石的下落，将它永远收藏起来。就当沈奇准备向小菊询问黑石的情况时，不小心被骑车的小刀给撞倒，送进了医院。
死神少女第11集 小刀因为打记者的事件被学校盯上，却也因此被黑道网罗，开始替柯桑做事。李强是小刀从小就认识的好朋友，因为暗恋佩佩的关系，不计一切代价将自己的小绵羊机车换成一台很酷炫的重机。
死神少女第12集 爱车如痴的佩佩为了一圆机车的梦想，和李强的关系越来越好，就在她生日那天，佩佩以门禁为藉口拒绝小刀的邀约，却不小心被小刀看到她和李强出去约会。
死神少女第13集 外表阴柔、心思细腻的小仑擅长指甲彩绘是班上女生的好朋友，不过他过於偏向女性化的个性而常常被校园里的不良少年大东欺负，家境清寒的小仑也因此被迫帮大东打扫来抵销被勒索的规费。
死神少女第14集 两人在古老师的安排下一起参与准备校庆音乐剧的行列，这天，小仑放学後一如往常的来到木工教室打扫，但大东在校园帮派老大的胁迫下必须向小仑要到他应缴交的规费，因此他在小仑打扫的时候企图以暴力胁迫他，甚至想强脱小仑的衣服！衣衫不整的小仑仓促的逃到哈雷研究社的社办，内心充满著恨怒与不甘。
死神少女第15集 新的学期，沈奇的哥哥沈泉来到石雨高中当实习老师，曾是校友的沈泉在高中时代有过一段轰轰烈烈的爱情故事，到现在他都还会想起那个女孩，也因此长期受忧郁症所苦，平常靠著种种花草来抚慰自己的内心，没想到无意间发现了埋在土里的黑石。
死神少女第16集 被繁重的课业压力和父母过高的期待压得喘不过去的亚贞，一心向往著外面的花花世界，和小海一起翘课、喝酒、上夜店，两人甚至还有了性关系！但是亚贞在沈泉来到班上担任英文老师之後，却渐渐的喜欢上他，还为了博取沈泉的注意去补习来加强自己的英文能力，但就在她抛弃小海的时候，发现自己怀孕了。
死神少女第17集 由于对渡的愧疚，沈奇决定要找出渡的过去，因此他回到图书馆找回那本手绘漫画，沈奇循著线索来到位于旧校区的「石雨漫画社」，在凌乱的社办中，看见一份死神少女的漫画手稿，翻开第一页居然是「渡」的模样。这让沈奇进入了五年前的杜荷和高超的过去。
死神少女第18集 在漫画大赛的准备中，高超对竞争对手杜荷逐渐产生了暧昧的情愫，也把自己的得意之作换成另一个佳作，而让杜荷的死神少女顺利获得首奖拿到100万和去日本培训的机会，杜荷也被高超的行为而感动，然而高超也得到了去日本培训的机会，并向杜荷提出了毕业后就结婚的请求。
死神少女第19集 知道渡就是杜荷的沈奇，决定要找出杜荷的下落。沿著漫画中的线索一一追查，终於让他找到漫画来不及画完的结局…另一方面，收到沈奇脑部检查报告的沈议员，坚持要让沈奇动手术，也因为沈泉的逝去，让他对沈奇的管教愈趋严格。
死神少女第20集 不想动手术的沈奇带著黑石，趁夜逃出医院，来到山上小舅舅的家。沈议员的竞选团队，为了提升沈大伟的形象，大肆刊登议员寻子的消息，并召开记者会以温情诉求希望大众帮忙寻找沈奇。沈奇和渡在山上的小舅家，一起目睹这一连串的事件，直到某天，疗养院传来沈奇母亲病危的消息。
